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第三期 单细胞空间转录组测序临床应用培训班
发布时间:2023/9/21 15:41:50 作者:互联网 阅读量:400

各企事业单位、高等院校及科研院所

单细胞测序空间转录组技术开启了临床医学的全新革命。这一全新迭代的技术,能够在更精细的单个细胞水平上获得遗传信息,揭示每个细胞的基因结构和基因表达状态,反映混杂样品测序所无法得到的异质性信息和稀有细胞的遗传信息。在肿瘤学、发育生物学、血液科学、细胞科学、免疫性疾病学、药物研发、微生物学、神经科学等领域发挥重要作用,多次被《Science》、《Nature》等学术期刊评价为生命科学领域年度重点技术。

随着精准治疗时代的到来,单细胞测序空间转录组技术将会有助于人类的科学研究以及临床应用,建立医院自身临床科研核心竞争力,辅助医院发展。

中国管理科学研究院职业教育研究所http://www.camec.org.cn 工业与信息化技术培训网http://www.itcc.ac.cn )特举办“单细胞空间转录组测序临床应用培训班”。本次培训通过单细胞测序空间转录组在医学领域的应用培训,提高医生的科研设计及数据分析能力,提升医学资源利用率。

一、培训目标:

    1、本次学习涵盖多个热门领域尖端研究技术,指导课题设计,分享宝贵经验,并介绍本领域的最新动态和进展,与大家共同探讨单细胞转录组学研究的课题设计思路和未来发展方向。

2、掌握单细胞转录组的技术原理;全面解析单细胞转录组的分析流程及原理;了解目前主流的单细胞转录组分析软件使用方法。

3、通过理论和实践有机的相结合,对单细胞转录组学基本理论和基本技术的讲解,使学员们深入了解单细胞转录组测序的知识以及相关的数据产生的各种高通量实验技术与数据挖掘。

二、培训时间:    20231020— 20231023   远程在线培训

                         (第一天数据及操作软件调试,共授课三天)

 

三、参加对象:

全国三甲医院从事临床医学、生物医学研究的临床医生、副主任医师、主任医师及临床医学博士、硕士研究生;肿瘤科、乳腺科、肝胆科、骨科、胃肠外科、血液科、皮肤科、肾内科、免疫科、妇产科、生殖科、心外科、神经内科、感染科等课题经费不足,无法进行大规模测序,但需要发表SCI论文的相关研究人员;

四、课程大纲

一、单细胞测序技术与应用

1. 单细胞组学技术的发展和原理。

2. 单细胞在各个科研领域的应用。

3. 单细胞高分文章分析思路解析(细胞群鉴定、拟时序分析、差异表达、功能富集、转录因子、细胞通讯等)。

4. 单细胞组学分析常用数据库介绍及使用。

二、单细胞组学数据分析实操

 

1. R语言简介及安装,RStudio的安装及使用说明。

2. R语言语法介绍及常用命令。

3. R语言的数据处理功能及统计应用。

4. 10X官方单细胞软件Cellranger讲解及实操。

5. 从基因表达矩阵开始到marker基因筛选全过程讲解及实操。

6. 通过Seurat软件进行PCAtSNE降维。

7. 单细胞转录组细胞鉴定及聚类分析。

8. 单细胞转录组差异分析。

三、单细胞转录组轨迹、通路、转录因子等分析及绘图实操

1. 通过Seurat 合并多样本及消除样本异质性。

2. 通过Monocle软件进行单细胞转录组拟时间分析。

3. 通过DAVIDmetascape网站进行通路富集分析。

4. 通过GSVA计算细胞通路得分信号等。

5. 通过cellphonedb进行细胞互作分析。

6. 通过infercnv推断染色体拷贝数变异。

7. 通过SCENIC软件进行转录因子预测分析。

四、空间转录组+单细胞测序联合分析

 

1. 空间转录组基本概念及原理。

2. 单细胞及空间转录组研究思路及案例分享。

3. 单细胞和空间转录组联合课题设计。

4. 空间转录组数据分析。

5. 通过Seurat进行空间变量特征的识别。

6. 与单细胞数据关联分析(空间细胞类型定义)。

7. 通过Seurat处理多个切片。

五、文章写作与投稿

1.单细胞类SCI的写作

15个要素的写法

27个方面的写法

2.空间转录组类文章的选题

立题前需要考虑的10个问题

3.投稿建议

14个忠告

25个档次

六、辅助课程

1.学后交流、微信群、QQ群建立;

2.咨询、合作。专业技术团队深入探讨。

五、主讲实例知识点:

一、10x单细胞转录组测序实验经验分享                          二、单细胞转录组测序常用发文思路和常规课题设计

三、软件安装:cellrangerRLoupe                         四、Cellranger分析流程解析

五、10X-scRNASeqSeurat分析操作                          六、R语言使用

七、单细胞数据可视化、细胞分型及marker鉴定                  八、单细胞数据轨迹分析,功能富集

九、单细胞数据挖掘                                            十、单细胞个性化分析

十一、RNA速率分析                                           十二、inferCNV分析

十三、细胞通讯分析                                            十四、GSEA\GSVA分析

 

六、联系方式:

联系人期 涛(老师)            手机(微信同号):15210196261

电话:010-56129268                官方咨询QQ513692711

E_mailcashq_ict@vip.163.com     网址 http://www.camec.org.cn

工业与信息化技术培训网:http://www.itcc.ac.cn

医学生物信息学QQ群号:876726523(加群备注:期涛邀请)


职业教育研究所

2023年9月21日